De Nederlandse regering en militaire leiding tolereerden doelbewust het stelselmatig en wijdverbreid gebruik van extreem geweld door Nederlandse militairen in de oorlog tegen de Republiek Indonesië. Dat staat in het onderzoek Onafhankelijkheid, dekolonisatie, geweld en oorlog in Indonesië, 1945-1950. Het is met subsidie en onderzoekskaders van de overheid uitgevoerd door het Koninklijk Instituut voor Taal-, Land- en Volkenkunde (KITLV), het Nederlands Instituut voor Militaire Historie (NIMH) en het NIOD Instituut voor Oorlogs-, Holocaust- en Genocidestudies.
De onderzoekers komen tot de conclusie dat het standpunt van 1969 onhoudbaar is, waarbij werd gesteld dat er wel excessen waren maar geen structureel geweld. Precieze cijfers van misdrijven en aantallen slachtoffers zijn niet te geven, aldus de onderzoekers nu. "Wel blijkt uit de bronnen dat extreem geweld van de kant van de Nederlandse krijgsmacht niet alleen wijdverbreid was, maar vaak ook bewust werd ingezet. Dit werd op alle niveaus - politiek, militair en justitieel - getolereerd."