Het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) "ziet nadelen" aan het voorstel van de commissie-Hordijk om de stikstofuitstoot van het verkeer op dezelfde manier door te rekenen als de uitstoot van andere sectoren, zoals industrie en landbouw. Tot nog toe bestaat voor berekeningen over de uitstoot van het verkeer een afzonderlijk systeem, dat tevens wordt gebruikt om de luchtkwaliteit in de gaten te houden.
De wetenschappelijke commissie-Hordijk hield de stikstofmetingen en -berekeningen van de overheid kritisch tegen het licht. Hordijk vindt het "niet verdedigbaar" dat voor het berekenen van de stikstofuitstoot van bijvoorbeeld het verbreden van een weg een ander rekenmodel wordt gebruikt dan voor bijvoorbeeld de bouw van stallen. Bij wegen wordt alleen gekeken naar de stikstofoxiden die binnen 5 kilometer neerdalen in de natuur, terwijl het grootste deel van die stikstofverbindingen in werkelijkheid veel verder van de bron terechtkomt.
Volgens het RIVM zou het opvolgen van het advies leiden tot minder nauwkeurige resultaten. Ook zou het ervoor zorgen dat de verkeersuitstoot op twee verschillende manieren wordt berekend, omdat het systeem waarmee de luchtkwaliteit in de gaten wordt gehouden gewoon doordraait. "Dit maakt het totale luchtbeleid complexer en minder consistent."
De commissie stelt ook voor om de neerslag van stikstof niet meer per hectare te berekenen, maar voor een groter gebied, omdat de uitkomst dan betrouwbaarder is. Het RIVM zegt dit technisch eenvoudig te kunnen uitvoeren. "Het is wel belangrijk om de juridische en ecologische gevolgen van deze aanpassing te onderzoeken."