De provincie Zuid-Holland heeft een eigen protocol opgesteld voor het gebruik van vlaggen op het provinciehuis in Den Haag. Aanleiding hiervoor is de discussie die in oktober ontstond over het al dan niet hijsen van de Israëlische vlag, vlak nadat dat land was aangevallen door Hamas. Zuid-Holland koos er toen voor om de provinciale vlag halfstok te hangen, als blijk van medeleven met alle slachtoffers van het geweld in Israël en op de Gazastrook.
Enkele partijen, waaronder BBB, hadden liever gezien dat Zuid-Holland de Israëlische vlag had gehesen. Dat gebeurde kort na het uitbreken van de oorlog wel onder meer op het Binnenhof bij het ministerie van Algemene Zaken en in meerdere provincies. De Zuid-Hollandse BBB-fractie vroeg het college van Gedeputeerde Staten om duidelijkheid te geven over het gebruik van vlaggen en dat heeft nu geleid tot een provinciaal protocol, als aanvulling op de algemene vlaginstructie van de rijksoverheid.
Standaard wapperen op twee plekken bij het provinciehuis de Nederlandse, Europese en Zuid-Hollandse vlag. Bij "internationale, nationale of regionale gebeurtenissen die vragen om een direct gebaar ter viering of van medeleven of steun" kan de commissaris van de Koning besluiten om de provinciale vlag halfstok te hangen voor een periode van maximaal zeven dagen. De andere vlaggen worden dan weggehaald.
"In beginsel wordt er geen vlag van een andere soevereine staat, binnenlandse of buitenlandse politieke beweging of partij uitgestoken" staat verder in het protocol. Dat gebeurt wel als er een buitenlands staatshoofd, een koninklijke gast of een regeringsleider op bezoek komt. Wanneer een commissaris van de Koning uit een andere provincie te gast is, wordt de vlag van die provincie gehesen.
Op Veteranendag (laatste zaterdag in juni) en Coming Out Day (11 oktober) hangt Zuid-Holland respectievelijk de Veteranenvlag en de Progress-vlag op.