Het Openbaar Ministerie heeft aan circa honderd melkveehouders boetes opgelegd tussen de 700 en bijna 24.000 euro. Volgens het OM hebben de boeren gesjoemeld met de registratie van dieren, waardoor het leek of er minder melkkoeien waren. Daardoor werd ten onrechte subsidie opgestreken en werd bespaard op de mestafzet. Ongeveer twintig zaken worden aan de rechter voorgelegd.
De Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit startte eind 2017 een reeks onderzoeken. Fysieke inspecties van boerenbedrijven leidden tot 140 dossiers. Ongeveer 125 bedrijven hadden zo'n 3000 koeien te veel. In sommige gevallen werd vermoedelijk niet met opzet gefraudeerd, maar was er sprake van slordigheid of onmacht, aldus het OM. Registratie bleek moeilijk op orde te houden, mede door de complexe, veranderende regelgeving.
Bij ongeveer de helft van de bedrijven is volgens justitie wel sprake van opzet. De boetes zijn opgelegd na hoorzittingen. Circa vijf zaken zijn - al dan niet voorwaardelijk - geseponeerd.
Melkveehouders moeten al hun runderen registreren in een Identificatie- en Registratiesysteem (I&R). In 2017 waren er volgens de I&R-cijfers veel vaker twee- en meerlingen geboren bij koeien dan normaal. Door met de geboortecijfers te knoeien is het voor boeren makkelijker om aan de regels voor fosfaatuitstoot te voldoen, zonder daarvoor runderen te hoeven wegdoen.